Die Welt wurde durch eine gigantische Mauer in zwei Hälften geteilt, um die Ausbreitung des „Dunklen Nebels“ zu verhindern. Um den Flüchtlingen Schutz zu bieten, wurden künstliche Städte namens „Arks“ errichtet. Shido Enishi ist ein Privatdetektiv, der im neunten Ark arbeitet. Eines Tages erhält er den Auftrag, einen Einbrecher zu fassen. Der scheinbar einfache Fall führt ihn zu einer großen Verschwörung.