Eines Tages, als Remu Mikage einen Videocall mit ihrer Schwester Shiki führte, die für die Schule auf der futuristischen Okinotori-Insel Mega Float City studiert, gesteht sie, dass sowohl ihr Ton als auch ihr Bild vollständig künstlich sind. Um ihre Studien effizienter zu gestalten, hatte Shiki neuronengelinkte Nanomaschinen verwendet, um ihren Bewusstseinszustand auf einen Computer hochzuladen und ihren physischen Körper in einen "Körperpool" zu lagern. Obwohl Remu von Shikis Entscheidung schockiert ist, unterstützt er seine Schwester, bis die Katastrophe, bekannt als der "Frühe Rapture", eintritt. Der Frühe Rapture führt dazu, dass alle, die ihren Bewusstseinszustand hochgeladen haben, entweder in einen Koma fallen oder sterben. Remu besucht Shikis leeres Apartment zum letzten Mal, aber ist schockiert, als Shiki an der Tür eintrifft. Sie hat keine Erinnerung an ihre Familie oder ihre Vergangenheit und wird von einer gewalttätigen Gruppe von Forschern verfolgt, wodurch sie und ihr Bruder gezwungen sind, mit ihrer neu entdeckten Fähigkeit zur Nanomaschinendynamik zu fliehen.
