Im Jahr 2100 ist die Welt durch ein Computernetzwerk miteinander verbunden. Kinder auf der ganzen Welt werden zu Web Divern, übertragen ihr Bewusstsein in Daten und spielen gemeinsam im Cyberpark Magical Gate. Doch ein mysteriöser Computervirus taucht auf und beginnt, Magical Gate von innen heraus zu zerstören. Im Cyberspace wurden Programme namens Web Knights erschaffen, um die Kinder zu beschützen. Der Computervirus hat jedoch alle Web Knights gegen die Kinder aufgebracht. Der einzige Web Knight, der der „Gehirnwäsche“ entgeht, ist Gladion. Gladion sucht die Hilfe von Kaito Yuki, einem Web Diver der vierten Klasse.
