In nicht allzu ferner Zukunft ist ein Großteil der Erde vom Meer verschlungen oder durch Erdbeben zerstört worden. Im Zentrum des Chaos steht der mysteriöse Orphan. Ob Orphan die eigentliche Ursache der Katastrophen ist, bleibt ungewiss. Orphans Ziel ist es, ein tief unter dem Meer verborgenes Schiff an die Oberfläche zu holen – doch dies würde die Vernichtung aller Menschen bedeuten, bis auf die wenigen, die Orphan treu ergeben sind. Orphans Agenten steuern geheimnisvolle Mecha namens Grand Cheres und durchkämmen die Welt nach rätselhaften, riesigen Scheiben, die mitunter auftauchen, mit hoher Geschwindigkeit fliegen und beim Aufprall weite Landstriche oder Städte verwüsten. Als eine verglühende Scheibe Hime fast tötet, entsteht aus ihr ein Brain Powerd. Brain Powerds sind eine andere Art von Mecha, ähnlich den Grand Cheres, aber nicht mit ihnen identisch. Hime wird zur Pilotin des Brain Powerd, geht eine symbiotische Verbindung mit dem lebendigen Mecha ein und schließt sich einer internationalen Organisation an, die Orphan aufhalten will – oder zumindest die Menschheit retten soll, falls Orphan Erfolg hat.
