In der nahen Zukunft ist Augmented Reality ein fester Bestandteil des täglichen Lebens geworden. Die freundliche Mittelschülerin Yuuko „Yasako“ Okonogi und ihre Familie sind gerade in Daikoku City gezogen, trotz Gerüchten über verschwundene Menschen. Dort betreibt ihre Großmutter, die liebevoll „Mega-baa“ genannt, einen Laden namens Megasia, der sich auf illegale Werkzeuge spezialisiert, die mit Teilen der virtuellen Welt interagieren. Mega-baa betreibt außerdem eine unautorisierte Detektei namens „Coil“, eine Gruppe von Kindern um Yasakos Alter, die Korruptionen in der virtuellen Welt aufdecken und bearbeiten. Yasako wird Teil der Gruppe, als Fumie Hashimoto, eine verspielte Mitgliederin von Coil, hilft, ihren Cyberhund Densuke zu retten, nachdem er in den virtuellen Raum geraten ist, während er einem mysteriösen Virus hinterherjagte. Auch die abrasive Hackerin Yuuko Amasawa, die die anderen liebevoll als Isako bezeichnen, untersucht diese Korruptionen und Viren. Kann Coil die Wahrheit hinter den mysteriösen Viren und Korruptionen aufdecken, und wenn ja, zu welchem Preis?
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