Gulliver, ein Junge mit der angeborenen Fähigkeit, Magie zu wirken, wird gegen seinen Willen auf eine Magierschule geschickt, um seine Kräfte zum Schutz seiner Stadt zu verbessern. Er kann fliehen und muss feststellen, dass seine Heimatstadt von der Armee des bösen Judau zerstört wurde. Judau tötet eigenhändig seinen Vater und schwört, auch Gulliver zu töten. Unterdessen retten Gulliver und sein Freund Eddison ein Mädchen namens Misty, das vor Judau flieht. Gemeinsam mit der Fee Phoebe, dem Einzelgänger-Ninja Gecko und einem uralten Schiff brechen Gulliver und seine Freunde zu einem Abenteuer auf, um Judau zu besiegen und die Geheimnisse von Atlantis zu lüften.
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