Kei Narutani und sein Kindheitsfreund Song Minghua sind chinesische Flüchtlinge, die vor der Zai fliehen, einer mysteriösen Organisation, die ihr Land und seine Bevölkerung indiscriminell terrorisiert. Glücklicherweise werden sie während ihrer Flucht nach Japan von einem seltsamen roten Flugzeug gerettet. Keis Faszination für dieses Flugzeug führt ihn dazu, seinen Retter kennenzulernen: ein Mädchen, das eine "Anima" ist – die Pilotin eines einzigartigen Flugzeugtyps, einer "Daughter". Das Mädchen nennte sich Gripen, ein niedliches JAS-39F-Kampfflugzeug. Kei entwickelt eine Bindung zu Gripen und wird anschließend von der Japanischen Selbstverteidigungsstreitkräfte rekrutiert, um Gripen bei ihren Problemen mit dem Fliegen zu helfen. Später gesellt sich Eagle, ein unbeschwerter F-15J-ANM, und Phantom, eine stolze RF-4EJ-ANM, zur Staffel hinzu, die entschlossen ist, die Menschheit zu beschützen. Gemeinsam kämpfen die fünf Personen gegen die invasive Zai und bilden die letzte Verteidigungslinie gegen die bedrohliche außerirdische Macht.
