Die Geschichte spielt in der nahen Zukunft, nicht lange von heute entfernt, als die Menschheit einen Orbitalaufzug fertiggestellt und begonnen hat, die äußeren Planeten ernsthaft zu erschließen. Ein rätselhafter außerirdischer Feind namens „Obliquus“ hat das Sonnensystem ins Visier genommen, und die Menschheit befindet sich im Krieg mit den ersten Außerirdischen, denen sie begegnet ist. Um der überwältigenden technologischen Überlegenheit des Feindes entgegenzuwirken, hat die Khronos-Stiftung die Nachfahren der Helden aller Länder versammelt – von Japans Musashi Miyamoto und Ryōma Sakamoto bis zu Frankreichs Napoleon und Jeanne d’Arc. Die Stiftung verschmilzt die Nachfahren anschließend mit „Gear“-Kampfanzügen zu speziellen biologischen Waffen und erschafft so die „Khronos Gear“.