Die Geschichte spielt in Kisshou City, einer der letzten Oasen, die von lebenslosem, durch einen langen Weltkrieg verwüstetem Land umgeben sind. Die Überreste humanoider Waffen, „Legacies“ genannt, werden von den Bewohnern der Stadt gesammelt und wieder zusammengesetzt. Eines Tages nähert sich eine Banditengruppe der Stadt, um die in den Legacies verborgenen Geheimnisse an sich zu reißen. Der Bürgermeister beschließt, ihnen mit einem speziellen Roboter Ω99 entgegenzutreten, der seit dem Krieg unversehrt geblieben ist. Der jugendliche Yamato wird als Pilot auserwählt. Er ist nur ein gewöhnlicher Gamer, der nicht einmal von der Krise der Stadt weiß.
