Die Geschichte spielt in der Präfektur Nagasaki in der Stadt Minami Shimabara, dem sagenumwobenen Ursprungsort der Shimabara-Rebellion, die in der frühen Edo-Zeit ganz Japan erschütterte. Hier verbringt auch der Drittklässler Shirou seine Tage mit seinen Schulfreunden. Eines Sommertags kehrt Shirous ältere Kindheitsfreundin Akane aus Tokyo nach Minami Shimabara zurück. Shirou und Akane unternehmen mit dem ebenfalls langjährigen Freund Tokiya einen Spaziergang durch die Stadt. Während die Freunde mit Nostalgie und tiefergehenden Gefühlen zu kämpfen haben, erscheint plötzlich ein rätselhaftes Wesen namens Goron vor ihnen. Diese Begegnung mit einer bloßen kleinen Kreatur bringt große Ereignisse in der Stadt erneut ins Rollen …