Vor dreizehn Jahren brach ein Teil Tokios ab und begann, am Himmel zu schweben. Der schwebende Teil der Stadt wurde „Alt-Tokio“ genannt, während der Rest am Boden „Neu-Tokio“ blieb. Kommunikation und Austausch zwischen Alt-Tokio und Neu-Tokio waren nicht mehr möglich. Jahre nach dem Vorfall entdeckt ein junges Mädchen, dass Alt-Tokio bald wieder auf den Boden stürzen wird. Sie begibt sich auf eine gefährliche Reise nach Neu-Tokio, um die Bewohner vor dem drohenden Unheil zu retten. Als rätselhafte Wesen auftauchen, rettet ein mysteriöses blauhaariges Mädchen namens Sora einen jungen Mann namens Kanata. Gemeinsam mit den Vampirgeschwistern Toya und Yuna sowie den Monstern Ryoma, Kamu und Hanzo kämpfen sie um das Schicksal der Welt. Erzählt eine neue Geschichte mit neuen Figuren, die nichts mit dem ersten Monster-Strike-Film und dem Net-Anime zu tun hat.