Die Geschichte von Mushi-uta spielt in der nahen Zukunft. Zehn Jahre vor Beginn der Erzählung begannen seltsame, insektenartige Kreaturen, die sogenannten "Mushi", aufzutauchen. Die Mushi können die Träume und Gedanken der Menschen verzehren, um übernatürliche Kräfte zu erlangen. Am Ende der ersten Episode begegnet der Protagonist Daisuke "Kakkou" Kusuriya einem jungen Mädchen namens Shiika Anmoto. Die beiden werden im Laufe der Zeit sehr eng miteinander befreundet. Kakkou ahnt jedoch nicht, dass Shiika eine Entflohene aus einem geheimen Gefängnis namens GARDEN ist, in dem die von den Mushi besessenen, sogenannten Mushitsuki, gefangen gehalten werden. GARDENs Militär, das Special Environmental Conservation Executive Office, entsendet seinen besten Killer, um Shiika zu verfolgen. Sie stoßen jedoch auf den Widerstand der Mushibane-Widerstandsorganisation, angeführt von der geheimnisvollen "Ladybird".
