Ninja Senshi Tobikage erzählt die Geschichte eines Jungen namens Joe Maya. Eines Tages wird Joe, der auf dem Mars lebt, Zeuge eines Kampfes zwischen Außerirdischen. Die Bewohner des Planeten Zaboom greifen die Prinzessin des Planeten Radorio an, die vor dem Kaiser von Zaboom geflohen ist, welcher die Herrschaft über das Universum anstrebt, und auf dem Mars notgelandet ist. Joe gelangt an Bord des Schiffes der Prinzessin, was eine Kette von Ereignissen auslöst, die ihr Leben verändern wird. Joe und seine Freunde führen drei mächtige Mechabestien gegen den Kaiser von Zaboom und seine Streitkräfte ins Feld, doch die Übermacht ist erdrückend. Als alle Hoffnung verloren scheint, erscheint wie aus dem Nichts ein geheimnisvoller Ninja-Roboter namens Tobikage, um Unterstützung zu leisten. Er kann sich mit den drei mechanischen Bestien vereinen, was ihm unvergleichliche Kraft verleiht. Mit seiner Hilfe kämpft Joe gegen die Truppen von Zaboom …
