Es ist das Jahr 20XX. Die Ninja, die einst die Geschichte Japans prägten, wurden während der Meiji-Restauration über das ganze Land verstreut. Als sich diese Ninja mit anderen Clans vermischten, wurde ihr Blut dünner und sie verschwanden allmählich aus dem Blickfeld. Die Nachkommen dieser Ninja-Clans gründeten die WNA (World Ninja Association), um ihr Erbe zu bewahren und ihr Vermächtnis weiterzuführen. So gelang es der WNA, Ninja-Gum zu entwickeln, eine Kunst, die die Kräfte der Shinobi beschwören konnte. Doch um das stärkste Ninja-Gum herzustellen, braucht man die stärkste Ninja-DNA. So wurde das Ninjala-Turnier abgehalten, um den mächtigsten aller Ninja zu finden …