Die Blaue Welt, die Vernunft symbolisiert, wird ständig von den Kreaturen namens Nightfly O’Note angegriffen, die aus der Roten Welt stammen, die Instinkt repräsentiert. Akira Asagi, die 17-jährige Protagonistin und Forscherin der Blauen Welt, wird zur Führung der Kriegsanstrengungen bei Ryuukyuu LAG ernannt, einer stolzen Verteidigungsanlage auf den Inseln Ishigaki und Iriomote. Sie trifft die sechste Kampfeinheit "IS", die vier Jahre nach einem heftigen Gefecht gebildet wurde, das die fünfte Einheit vernichtet hatte. Akari muss diese sechs Reiter führen, die auch als Scared Rider Xechs bezeichnet werden, um gegen die andere Welt zu kämpfen und gleichzeitig die Beziehungen zwischen ihnen zu vertiefen.