Kotatsu Neko basiert auf dem gleichnamigen Realfilm „Science-Fiction/Fantasy-Romanze“, der 2006 in Japan erschien. Die Geschichte spielt in einem bestimmten Viertel von Tokio, wo zwei Katzen unter einem Kotatsu leben. Shito ist eine mädchenhafte weiße Katze, Zero ein cooler schwarzer Kater. Der Besitzer der beiden, Rei „Junior“ Fujisaki, ist ein Hikikomori im dritten Jahr der Mittelschule, der nur noch Augen für Spiele hat. Er mag ein Mädchen aus seiner Klasse, bringt aber natürlich nicht den Mut auf, es ihr zu sagen. Auch Shito hegt insgeheim eine geheime, unerwiderte Liebe.