Die Militärschule des Barburg-Reiches ist bekannt dafür, Elites auszubilden, die dem Reich Sieg bringen. Die Schüler der Schule nutzen freiwillig eine Fähigkeit namens "Zaiphon", um zu kämpfen, wobei die Art des verwendeten Zaiphons von der Natur des Soldaten abhängt. Teito Klein, ein Schüler der Akademie, gilt als einer der vielversprechendsten Soldaten, die hervorgebracht werden. Obwohl er von allen verspottet wird, weil er ein "Sklave" (Deutsch für Sklave) ohne Erinnerungen an seine Vergangenheit ist, freundet er sich mit einem anderen Schüler namens Mikage an. Während er sich auf die Abschlussprüfung vorbereitet, entdeckt Teito ein dunkles Geheimnis über seine Vergangenheit. Als ein Attentat auf Ayanami, einen hochrangigen Beamten, der seinen Vater getötet hat, scheitert, wird Teito eingesperrt und wartet auf Strafe. Nur weil Mikage das Beste für Teito will, hilft sie ihm zu fliehen. Teito findet sich in der 7. Bezirkskirche wieder, wo er von den Bischöfen aufgenommen wird. Hier versucht Teito, die Fänge von Ayanami und der Militärschule zu vermeiden, damit er seine Erinnerungen wiederfinden und herausfinden kann, warum er die Person ist, die das Schicksal der Welt verändern kann.
