Stille, apathische, aber verschmitzte Rokujou Miharu ist ein 14-jähriger Junge, der den Hijutsu "Shinrabanshou" besitzt – eine mächtige Technik, nach der viele Ninja-Clans dürsten, um die Herrscher von Nabari zu werden. Sein Klassenkamerad Kouichi Aizawa und ihre Englischlehrerin Thobari Durandal Kumohira sind beide heimliche Banten-Clan-Ninjas, die sich dazu verpflichtet haben, Miharu vor seinen zahlreichen Angreifern zu schützen. Miharu, der weiterhin apathisch bleibt, versucht, ihre Einladung, sich ihrem Ninja-“Club” anzuschließen, abzulehnen. Doch nach zahlreichen Angriffen findet er keine andere Wahl, als sich ihrer Gruppe anzuschließen, um sein Überleben zu sichern. Langsam nähert sich Miharu immer mehr der Rolle des Herrschers von Nabari.
