Isanami, eine junge Priesterin aus Izumo, wird gezwungen, zusehen, wie eine Gruppe böser Ninja ihren Tempel niederbrennen und die darin befindlichen Menschen ermorden, sodass sie keine andere Wahl als in den Wald zu fliehen, um dem gleichen Schicksal zu entgehen. Durch Zufall stößt sie auf Saizou Kirigakure, einen kampflosen Ninja aus dem Iga-Schule. Die beiden reisen nach Ueda Castle, um Yukimura Sanada um Hilfe zu bitten. Isanamis Besitzung einer seltsamen und verheerenden Macht wird enthüllt, und Sanada stimmt sofort zu, ihr zu helfen, zehn tapfere Krieger an ihrer Seite zusammenzustellen. So beginnt Brave 10, eine Geschichte, die im Zeitraum der Japanischen Bürgerkriege spielt. Sie folgt Saizou und Isanamis Reise durch das von Krieg heimgesuchte Land auf der Suche nach tapferen Kriegern, die unter Yukimuras Banner dienen sollen, von denen jeder seine eigenen, mächtigen Fähigkeiten besitzt. Sie müssen weit und breit reisen, während sie gleichzeitig versuchen, diejenigen abzuwehren, die nach der dunklen Macht verfolgen wollen, die sie besitzt, um sie sich selbst anzueignen.
