Im Jahr 2055, vier Jahre nach den Ereignissen von Danball Senki W, sind LBXs zum größten Hobby der Welt geworden – groß genug, dass Profiligen entstanden sind und Menschen ihren gesamten Lebensunterhalt als LBX-Spieler verdienen. Der 14-jährige Arata ist ein neuer Austauschschüler an der Kamui Daimon Integrated Academy auf der Insel Kamui nahe Japan. Die Akademie gilt als die renommierteste Einrichtung der Welt für die Ausbildung von LBX-Spielern und -Mechanikern, doch die Aufnahme ist an eine äußerst anspruchsvolle Hürde geknüpft: Man muss mindestens drei offizielle Turniere gewonnen haben. Gemeinsam mit den anderen Mitgliedern seines Zuges stellen sie sich Rivalen und lüften die Geheimnisse, die in der Akademie verborgen liegen.
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