Shiki Toono erwacht in einem Krankenhausflügel mit der Fähigkeit, unsichtbare Linien zu sehen. Diese dünnen Fäden, aus denen alles in Shingetsutan besteht, zerstören ein Objekt sofort, sobald sie durchtrennt werden. Shiki entdeckt, dass er, wenn er die Linien eines Objekts verfolgt, dessen Zerstörung bald folgt. Während er seine übernatürliche Wahrnehmung geheim hält, lebt Shiki ein friedliches zweites Leben. Doch diese Ruhe hält nicht lange, denn Shiki begegnet auf dem Heimweg von der Schule einer mysteriösen Frau mit leuchtend roten Augen. Nach einem plötzlichen psychotischen Anfall scheint er die Frau zu töten und fällt kurz darauf in Ohnmacht. Um die Dinge nicht zu verschlimmern, wird Shiki am nächsten Tag von einem Paar dämonischer Hunde angegriffen – mit sicherem Tod konfrontiert, wird Shiki durch die rechtzeitige Ankunft der gleichen Frau von gestern gerettet. Sie stellt sich als Arcueid Brunestud vor, eine Vampirprinzessin. Entschlossen, sich zusammenzuschließen, begeben sich Shiki und Arcueid auf eine Reise, um die Wahrheit über ihre Abstammung und die jüngste Reihe von Morden in der Stadt aufzudecken.
