Acht Jahre nach dem mysteriösen Tod seines Vaters, Kaito Kuroba, einem etwas schelmischen, aber ansonsten ganz normalen Teenager, entdeckt Kaito eine schockierende Enthüllung: Der Phantomdieb Kaito Kid – auch bekannt als „Der Magier im Mondschein“ – war keineswegs sein eigener Vater. Der ehemalige Dieb wurde von einer kriminellen Organisation ermordet, die nach einem mythischen Stein namens Pandora-Stein suchte, der mit dem Passieren des Valley Comets alle zehntausend Jahre einen Tränenfluss weint. Wenn diese Träne konsumiert wird, soll der Stein angeblich Unsterblichkeit verleihen. Um Gerechtigkeit für den Tod seines Vaters zu erlangen, schlüpft Kaito in das Gewand des Phantomdiebs und stiehlt Nacht für Nacht wertvolle Juwelen, um den Pandora-Stein zu finden, bevor seine Feinde die Macht für sich nutzen können.
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