Die Welt, wie wir sie kennen, ist nur die halbe Wahrheit, wie Takeshi Nanase eines Tages abrupt herausfindet. Auf dem Weg zum Kendopraktizieren begegnet Takeshi einer bewusstlosen Mädchen in einer Uniform, die er nicht kennt. Takeshi tut das Richtige und rettet sie, und im Gegenzug erwacht das Mädchen und verwandelt ihn versehentlich in einen Magier. Wie Takeshi herausfindet, gibt es die Welt, in der er lebt, und die Welt der Magier. Die meisten Magier wollen friedlich mit Nicht-Magiern zusammenleben, aber es gibt einige mit größeren Ambitionen. Mui Aiba ist eine Magierin, die an der Subaru Magic Academy eingeschrieben ist, wo Magier lernen, ihre Kräfte zu kontrollieren und zu kanalisieren und wie man in Frieden mit normalen Menschen lebt. Nach ihrem schicksalhaften Treffen mit Mui beschließen Takeshi und seine neu magischen Freunde Kurumi Isoshima und Kazumi Ida, ebenfalls in die Magic Academy einzutreten. Alle drei Freunde haben unterschiedliche Gründe für ihren Einsatz, sei es, um der Vergangenheit zu entkommen oder in die Zukunft zu gelangen. Sie beherrschen verschiedene Arten von Kräften, die sie lernen müssen, zu beherrschen, um die Ghost Trailers abzuwehren, eine Gruppe von Magiern, die bereit sind, Gewalt einzusetzen, um ihre Überlegenheit über Menschen zu behaupten. Von den Ghost Trailers verfolgt müssen Takeshi und seine Freunde trainieren, stärker zu werden, dem Anführer der Trailer gegenübertreten und den Beginn des Zweiten Großen Magierkrieges verhindern.
