Die Handlung spielt an Bord der Megazone 11, einer anderen Raumkolonieflotte als die Megazone 23 aus dem Original-Video-Anime von 1985. Die Mutterschiffe der Megazone 11 sind als realistische Simulationen irdischer Städte wie Tokio gestaltet, und es gibt zudem ein Satellitenschiff, das einer kleineren japanischen Provinzstadt um das Jahr 2020 nachempfunden ist. Die Protagonistin Sakura ist eine gewöhnliche Mittelschülerin im zweiten Jahr, die an Bord dieses Satellitenschiffs lebt. Heimlich führt sie ein Doppelleben als Teil eines Gesangsduos mit Eve, einer Freundin, die sie online kennengelernt hat. Auf einem Mutterschiff formiert sich eine Widerstandsbewegung. Um die Unabhängigkeit zu erlangen, müssen sie die Kontrolle über Tiamat erlangen, das System, das die Flotte steuert, doch der Schlüssel zu diesem System ging vor 80 Jahren im Kampf verloren. Da Gerüchte über sein Wiederauftauchen die Runde machen, suchen sowohl der Widerstand als auch die Regierung nach dem Schlüssel. Eines Tages, während eines Besuchs in Akihabara auf dem Tokio-Schiff, um Eve zu treffen, gerät Sakura mitten in einen Terroranschlag am Bahnhof. Während Eve Sakura aus der Ferne in Sicherheit leitet, stößt Sakura auf Garland XI, einen transformierbaren Motorrad-Roboter-Mecha, den Eve ihr zu benutzen befiehlt.
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5 Titel in chronologischer Reihenfolge