My-Otome Zwei spielt ein Jahr nach den Ereignissen von My-Otome. Arika ist nun eine vollwertige Otome (obwohl sie weiterhin unter der Anleitung von Miss Maria steht) und Nagi ist in einem Gefängnis irgendwo in Aries inhaftiert. Die verschiedenen Nationen sind miteinander im Frieden und planen, S.O.L.T. (Strategische Otome-Einschränkungsgespräche) abzuhalten, um die Anzahl der Otome zu begrenzen. Eine Mission, einen Meteorit zu zerstören, der mit Earl kollidieren würde, löst eine Reihe von Ereignissen aus, die zu einem Angriff einer mysteriösen, schattigen Gestalt auf Garderobe und mehrere Otome sowie einer neuen, stärkeren Version von Slave führen, die sich über den Planeten verteilt. Um die Dinge noch schlimmer zu machen, verschwindet Königin Mashiro nach einem Streit mit Arika. Die Serie folgt Arikas Suche nach Mashiro sowie Garderobes Versuchen, die Wahrheit hinter der schattenhaften Gestalt aufzudecken.
8 Titel in chronologischer Reihenfolge