Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Eine Gruppe namens Shinkansen Ultra Evolution Institute untersucht eine Häufung von Monsterangriffen in Japan, die nach dem Auftauchen eines mysteriösen Schwarzen Shinkansen stattfinden. Das SUEI verfügt mit den Shinkalions, Shinkansen-Zügen, die sich in riesige Mecha verwandeln können, über eine mächtige Waffe für den Kampf. Ein Junge namens Hayato Hayasugi ist ein großer Zugfan und stößt zufällig auf die geheime Arbeit seines Vaters für das SUEI. Überraschenderweise wird Hayato schon bald selbst zum Shinkalion-Fahrer! Als vielleicht beste Überlebenschance Japans übernehmen Hayato und andere Kinder die große Verantwortung, gegen außerirdische Feinde zu kämpfen. Nun ist ein neuer gigantischer Gegner aus dem Weltraum gekommen, um den Planeten zu erobern. Zwar hat das SUEI mit dem ALFA-X einen neuen Prototyp-Shinkalion für den Kampf, doch Hayatos Vater Hokuto verschwindet. Eine neunjährige Version von Hokuto springt durch die Zeit in die Gegenwart, um gegen die außerirdischen Angreifer zu kämpfen, und steuert den ALFA-X!