In der nahen Zukunft verschiebt sich das Klima der Welt und lässt im Westpazifik einen permanenten Superzyklon entstehen: das Große Brüllen, das die Erde verändert und die meisten Länder überflutet. Schifffahrt und Navigation werden für die Nationen wichtig, und nach dem Auftauchen von Seepiraten sind Unternehmen gezwungen, Geleitschiffe anzuheuern, um ihre Investitionen zu schützen. Hyousuke Nagimiya ist Systemingenieur und wurde beauftragt, die Pascal Magi aufzurüsten, die von einer ausschließlich weiblichen Crew unter Kapitänin Misaki Nanaha bemannt wird. Gemeinsam bemüht sich die Crew, ihren Kritikern zu beweisen, dass sie keine bloße „Alice Brand“ ist. Doch während sie ihre Mission erfüllen, scheint im Hintergrund eine größere globale Verschwörung zu wirken, die aus dieser neuen Weltordnung Nutzen ziehen will.
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