Der Film beginnt mit dem Phönix, der die Geschichten und Hoffnungen von Astro Boy erzählt. Viele der Bilder stammen direkt aus der TV-Serie der 1980er Jahre, während einige seiner Abenteuer zusammengefasst werden. Nach dieser Zusammenfassung stellt sich Astro Boy Blue Bon entgegen und versucht, ihn dazu zu bringen, seine Meinung über die Menschen zu ändern. Doch Blue Bon missversteht ihn und nimmt an, dass Astro Boy ein Feind ist, wenn er nicht zustimmt. Blue Bon hasst Menschen, weil sie seine Familie (Maria und Tonto) auseinandergerissen haben. Ein Kampf zwischen den beiden beginnt, nachdem Astro Boy Blue Bon nicht davon überzeugen konnte, dass sie keine Feinde sind.
14 Titel in chronologischer Reihenfolge