2199 n. Chr. Versuchte Yamato, die Galaxie der Großen Magellanschen Wolke zu verlassen, nachdem sie am Zielort Iscandar ein „Cosmo Reverse System“ erhalten hatte. Doch plötzlich begegnet sie in der Nähe der Großen Magellanschen Wolke einer mysteriösen Gruppe. Die Crew erfährt, dass diese Gruppe „Gatlantis“ heißt und ihr Anführer der Gutaba-Expeditionführer Goran Dagaamu von Donner ist. Der Kommandeur fordert, dass Yamato an ihn übergeben wird. Yamato, das mit Eile nach der Erde gelangen möchte, entkommt dem Kampf. Yamato wird jedoch von einer verheerenden Strahlenwaffe namens „Flame Direct Attack Cannon“ angegriffen, die Raum überwinden kann. Yamato konnte sich zurückziehen, geriet aber verloren und fand sich in einer seltsam gefärbten, unregelmäßigen Dimension wieder. Die Crew beschließt, den Antrieb des Schiffes abzuschalten und einen mysteriösen Planeten zu erkunden. Um Informationen zu sammeln, landen Kodai, Kiryū, Sawamura, Niimi und Aihara auf dem Planeten. Was sie bei ihrer Ankunft sahen, war ein Schiff, das nicht da sein sollte. Dagaamu verfolgt die Spuren von Yamatos Wurfel und erreicht ebenfalls den seltsam gefärbten Raum. Der Planet, auf dem Yamato gelandet war, war in Wirklichkeit das, wonach Dagaamu die ganze Zeit gesucht hatte.
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