Auf einem abgelegenen Wüstenplanet namens Zi entdeckt ein Junge namens Van eine verlassene, heruntergekommene Einrichtung. Im Inneren findet er eine undurchsichtige Kokon, der sich von selbst öffnet, und ein Dinosaurier-ähnliches Roboterwesen, ein sogenanntes "Organoid", tritt aus der Hülle hervor. Van gibt dem Wesen den Namen Zeke und beansprucht es für sich, doch eine Gruppe von Banditen stürzt sich auf ihn, um das Organoid zu beschlagnahmen. Die Banditen sind mit "Zoids" ausgestattet – tierähnlichen mechanischen Einheiten, die für den Kampf eingesetzt werden. Van kann seine Verfolger abwehren, indem er ein altes Zoid namens "Shield Liger" wiederbeleben und sich mit ihm verschmelzen lässt. Van kehrt mit Zeke an die Einrichtung zurück und findet einen neuen Kokon. Er ist begeistert, möglicherweise ein weiteres Organoid erlangt zu haben, doch als der Kokon aufbricht, kommt ein Mädchen aus ihm hervor. Das Mädchen ist sich seiner Herkunft unbekannt und erinnert sich nur an ihren Namen Fiona und daran, dass sie ein Objekt namens "Zoid Eve" finden muss. Um das Geheimnis ihrer Existenz zu lösen, begibt sich Fiona zusammen mit Van und Zeke auf die Suche, um herauszufinden, was das Zoid Eve wirklich ist. Die Dreiergruppe trifft auf viele Freunde und Feinde auf ihrer Reise, begegnet verschiedenen Gefahren und erlebt Momente leichter Unbeschwertheit.
4 Titel in chronologischer Reihenfolge

