Im Jahr 2015 setzt die Chaldea-Sicherheitsorganisation Experten aus den Bereichen Magie und Alltagswissenschaft zusammen, um die Zukunft der Menschheit auf mögliche Aussterbeursche zu beobachten. Die menschliche Überlebensfähigkeit scheint für das nächste Jahrhundert gesichert – bis das Urteil plötzlich sich ändert und am Ende des Jahres 2016 die Ausrottung der Spezies bevorsteht. Die Ursache ist unbekannt, scheint aber mit der japanischen Stadt Fuyuki und den Ereignissen von 2004 während des Fünften Heiligen Grabeskriegs in Verbindung zu stehen. Als Reaktion darauf setzt Chaldea auf eine experimentelle Methode der Zeitreise, die Rayshift-Technologie. Mithilfe dieser Technologie können Ritsuka Fujimaru, ein junger Mann, der neu in die Organisation aufgenommen wurde, und das mysteriöse Mädchen Mash Kyrielight, in die Vergangenheit, ins Jahr 2004 zurückreisen und herausfinden, wie sie die Menschheit retten können. Es wurde eine groß angelegte Verordnung erlassen – eine Verordnung, die das Schicksal ändern und die Zukunft wiederherstellen soll.
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