In einer dunklen Ecke des Universums bricht der intergalaktische Verbrecher Kain aus dem Gefängnis aus und zerstört den Hauptquartier der Galaxiepolizei. In dem Nachglühen des Terrors und der Zerstörung, die er angerichtet hat, richtet Kain seine Aufmerksamkeit auf einen viel größeren Preis, der auf der Erde wartet. Währenddessen beobachtet Tenchi Masaki und seine Crew alte Heimvideos seiner Mutter, Achika. Als der Film läuft, beginnt Achika langsam zu verschwinden. Während sie verblasst, verschwindet auch Tenchi. Dank eines Geräts, das von Washuu Hakubi entwickelt wurde, ist Tenchi jedoch nicht für immer verschwunden. Die Gruppe erfährt bald von Kain und schließt, dass er etwas mit Achika angestellt hat, was zu einer Veränderung der Zeit geführt hat. Um sich selbst zu retten und die Zukunft zu erhalten, reist Tenchi mit den Mädchen in die Vergangenheit zurück, um seine Mutter vor ihrem Schicksal zu schützen.
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