Der lange Krieg zwischen der Erde und den Maschinenmenschen ist endlich vorbei – ein Frieden, der eher einem Sieg der Maschinenmenschen als der Erde gleicht. Warrius Zero verlor im Krieg gegen die Maschinenmenschen seine Familie, doch trotzdem gehört er weiterhin der Erdflotte an, die nun mit den Maschinenmenschen zusammenarbeitet. Sein Schiff, besetzt mit Menschen und Maschinenmenschen, erhält eine nahezu unmögliche Aufgabe: den Weltraumpiraten Captain Harlock gefangen zu nehmen. Während Zero darum ringt, diesen Auftrag zu erfüllen, kommen Beweise ans Licht, dass der Frieden zwischen den Maschinenmenschen und der Erde nicht so ist, wie er scheint …
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