Das Jahr ist 1999. Amamori Hajime ist ein ganz normaler Grundschüler, der versucht zu lernen und mit seinen verrückten Freunden abzuhängen. Doch eines Tages, als sein Vater ein Gerät testet, an dem er gearbeitet hat, explodiert es und reißt das Haus mit in die Luft! Als Waise wird Hajime von seinem Onkel aufgenommen, einem Astronomen. In dessen Observatorium trifft er ein Mädchen, das er schon einmal gesehen und in das er sich ein wenig verguckt hat. Er erfährt, dass sie Yukino Yayoi heißt und ihre Eltern einen Ramen-Laden im Ort betreiben. Doch noch besser: Sie ist die Assistentin seines Onkels! Was für ein Glück! Doch Yayoi ist nicht ganz das, was sie zu sein scheint. Es gibt einen Grund, warum sie Amamori-san im Observatorium hilft. Sie ist die Millennial Queen (Sen-Nen Joou), auserwählt von ihrem Heimatplaneten LaMetal, zur Erde zu reisen und die mögliche Vernichtung des Planeten vorzubereiten. Was wird diese Katastrophe auslösen? LaMetal hat eine extrem elliptische Umlaufbahn, die ihn alle 1000 Jahre sehr, sehr nah an die Erde bringt. Kommt er nah genug heran, reagiert die Erde und es kommt zu allerlei Naturkatastrophen. Obwohl sie mit dem Gedanken auserwählt wurde, LaMetal zu schützen, ist ihr persönlicher Plan, so viele Menschen wie möglich nach LaMetal zu evakuieren, damit sie überleben, falls ihr Planet zerstört wird. Doch es gibt eine Person, die versucht, ihren Plan zu vereiteln: das Oberhaupt der Millennial Thieves. Warum will er Yayoi aufhalten? Und woher weiß er überhaupt von der Millennial Queen?
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